تئوری‌های «ارزیابی تهدید بیوتروریستی» و «فرصت» دو نوع تئوری ارائه شده برای مقابله با بیوتروریسم است.
ترس از قرار گرفتن در معرض انواع بیماریها دغدغه همیشه انسان در طول تاریخ بوده است. در این میان انسان‌های سلطه‌طلب همیشه درصدد بهره‌برداری از عوامل مختلف برای تسلط و ضربه زدن به دیگران بوده‌اند.اینگونه افراد با علم بر وحشت عمومی از بیماریها و قدرت عوامل بیماری‌زا در فلج کردن جوامع همواره درصدد برآمده‌اند تا نهایت استفاده را از این عوامل جهت نیل به اهداف خود ببرند.با پیشرفت‌های حاصله درعلوم ژنتیک و پزشکی این نگرانی و وحشت عمومی از بیماریها تا حدودی برطرف شده است، اما همین پیشرفت‌ها موجب برخی سوء استفاده‌ها نیز گردیده است.
تغییر و تحولات گسترده در نوع و ساختار جنگ‌ها موجب گردیده لغات جدیدی وارد ادبیات نظامی جهان شود که بیوتروریسم به عنوان شکل جدیدی از تروریسم از جمله آنهاست. سوء استفاده از عوامل میکروبی زنده یا فرآورده‌های آن‌ها یا به عبارت جامع‌تر، استفاده از عوامل بیولوژیک، به منظور ارعاب یا هلاکت انسان‌ها و نابودی دام‌ها و گیاهان جنگ نهانی است که «بیوتروریسم» نامیده می‌شود. وسایلی که به منظور انتشار عمدی ارگانیسم‌های مولد بیماری یا فرآورده‌های آن‌ها توسط غذا، آب، حشرات ناقل یا به صورت افشانه (آئروسل)، به کار برده می‌شود، جنگ افزار بیولوژیک می‌باشد.
واژه بیوتروریسم و جنگ‌های تروریستی پس از حادثه ۱۱ سپتامبر رنگ و بوی تازه‌ای به خود گرفت به طوری که بودجه سالانه امریکا برای مبارزه با اینگونه اعمال جنایت‌کارانه به یکباره ده‌ها برابر شد. تبلیغات گسترده‌ای که در این زمینه صورت گرفت موجب وحشت روز افزون مردم از این پدیده و به خطر افتادن سلامت روانی جوامع شده است.
در طول تاریخ به خصوص درچند دهه اخیر موارد متعددی از این سلاح‌های کشتار جمعی مرگبار استفاده شده است، مانند کاربرد آن توسط ایتالیا در لیبی و اریتره، فرانسه در مغرب و تونس، ژاپن در منچوری چین، مصر در یمن، آمریکا در ویتنام و هند و چین، شوروی سابق در افغانستان و گسترده‌ترین جنگ شیمیایی علیه ایران توسط رژیم صدام و موارد دیگر. آخرین موارد گزارش شده نیز مربوط به استفاده نیروهای داعش از سلاح‌های حاوی گاز شیمیایی در استان الانبار عراق در اواخر سال ۲۰۱۴، و در کوبانی در ۲۲ اکتبر ۲۰۱۴ و همچنین نیروهای مخالف دولت سوریه از سلاح‌های شیمیایی در منطقه «خان‌العسل» در استان حلب در ۱۹ مارس ۲۰۱۳ است.
سلاح‌های بیولوژیکی دارای ویژگی‌های منحصر به فردی هستند که استفاده از این عوامل را برای برخی افراد سهل و جذاب کرده است. بازده بالا در کشتار، مقرون به صرفه بودن و طبیعت زنده عوامل بیولوژیکی که باعث می‌شود به راحتی در فضا پراکنده و خودبه‌خود تکثیر و وسعت منطقه آلوده را گسترش دهند از جمله این ویژگی‌ها می‌باشد. اما با وجود این، موانع و محدودیت‌هایی که استفاده از این عوامل دارند مانع از استفاده گسترده و روزافزون این عوامل توسط دولت‌ها و گروه‌های مختلف شده است. استفاده از این سلاح‌ها به دلیل غیر قابل پیش‌بینی بودن اثرات ناشی از کاربرد آن‌ها و طول عمر عوامل بیولوژیکی ممکن است در اندک زمانی به یک بحران بیولوژیک تبدیل گردد. از طرفی ننگ و بد نامی ناشی از کاربرد این سلاح‌ها موجب فشار بسیار زیاد افکار عمومی بر استفاده کنندگان آن‌ها شده و این افراد پایگاه مردمی خود را از دست می‌دهند.
درمقابله با بیوتروریست دو نوع تئوری ارائه شده است.نخست،ارزیابی تهدید بیوتروریستی؛ نادیده گرفتن و سهل انگاشتن تاثیر علل و عوامل مختلف در ایجاد و شکل‌گیری یک حمله بیوتروریستی می‌تواند منجر به تصمیم‌های غیر اصولی و ناکارآمد و در بسیاری از موارد جبران‌ناپذیر سیاست‌گذاران گردد. در واقع بیشترین آسیب‌ها از ناحیه حملات بیوتروریستی زمانی حاصل می‌شود که ارزیابی تهدید ناکافی باشد.
در ارزیابی عوامل تاثیرگذار در یک حمله بیوتروریستی باید علاوه بر برآورد خطرات بالقوه عوامل بیولوژیکی و یا احتمال وجود حملات بیوتروریستی یک سری فاکتورهای دیگری را نیز در نظر گرفت. از این‌رو نمی‌توان گفت عدم تمایل یک تروریست در استفاده از یک عامل خطرناک بیولوژیکی ریسک حمله تروریستی از جانب آن را کاهش می‌دهد و در نقطه مقابل آن حتی خطرناک‌ترین تروریست‌ها نیز برای رسیدن به اهداف تروریستی خود نیازمند در اختیار داشتن عوامل بیولوژیکی برای ایجاد خسارت و وحشت می‌باشند.
در مقابله با مقاصد بیوتروریستی باید علاوه بر ارزیابی‌های عملی‌عینی از جمله: تعیین ارزش دارائی‌ها، آسیب‌پذیری هدف مورد نظر و یا خطر بالقوه یک عامل خاص، جنبه های روانی‌ذهنی قضیه را نیز در نظر گرفت.دانستن این نکته ظریف می‌تواند سیاست‌های جداگانه‌ای را رقم بزند که بدون در نظر گرفتن آن مقابله با مقاصد تروریستی قابل حصول نمی‌باشد. به عنوان مثال، از بین بردن کامل آسیب‌پذیری توده مردم نسبت به یک عامل خاص غیرممکن می‌باشد، اما منحرف کردن افکار تروریست‌ها از آسیب‌پذیر بودن مردم یک منطقه باعث می‌شود که احتمال وقوع حمله تروریستی کاهش یابد. اکثر مباحثی که بر حول محور بیوتروریسم صورت می‌گیرد، بیشتر بر خطر بالقوه آن تاکید دارد و کمتر به جنبه‌های کیفی موضوع نظیر انگیزه تروریست‌ها در استفاده از چنین سلاح‌های مرگبار و یا آسیب‌پذیری جوامع مختلف نسبت به بیوتروریسم توجه می‌شود. دوم، تئوری فرصت؛ یکی از تئوری‌های جدید در مورد بیوتروریسم، «تئوری فرصت» می‌باشد. به این ترتیب که از نظر عقلانی، یک حمله بیوتروریستی زمانی اتفاق می‌افتد که فرد «هزینه‌منفعت» وارد شده و منافع آنرا بیش از هزینه‌های آن در یابد. این آنالیز با چهار فاکتور کلیدی شناخته می‌شود؛ «تلاش‌ها و هزینه‌های لازم برای تدارک یک حمله بیوتروریستی»، «خطرات انجام عملیات، برای تروریست قبل از حمله»، «منافع حاصل از انجام عملیات بیوتروریستی»، «انگیزه‌ها و یا دلایل تمایل به انجام چنین کاری.»
این تئوری بیان می‌کند اگر منافع بیوتروریست‌ها بیش از هزینه‌های متحمله توسط آن‌ها باشد، احتمال ارتکاب جنایت از طرف اشخاص مهاجم بالا خواهد رفت. علاوه براین با تغییر در مولفه‌های هزینه‌منفعت می‌توان احتمال وقوع جرم را پایین آورد. همچنین با حذف بهانه‌های گروه‌های مخالف جهت انجام فعالیت‌های بیوتروریستی می‌توان از انجام اینگونه جرائم تاحدود بسیار زیادی جلوگیری کرد.
هرگونه اقدامی که در ممانعت از تکثیر عوامل بیولوژیکی صورت بگیرد، دستیابی به عوامل بیولوژیکی را سخت‌تر کرده و فرصت‌های بیشتری را جهت مقابله با به‌کارگیری این عوامل مهیا می‌سازد. از این روبا افزایش هزینه‌های انجام اینگونه عملیات‌ها و با توجه به آنالیز هزینه منفعت، انگیزه‌های استفاده از سلاح‌های بیولوژیکی کاهش می‌یابد.
بحث جنگ‌های بیولوژیک امری حساس و قابل پیشگیری توسط سیاست‌مداران استراتژیست‌های نظامی، دانشمندان و حقوق‌دانان می‌باشد. انجام اقدامات قبل از حمله بیولوژیک به منزله ایجاد سدی محکم در برابر تهدیدات کم احتمال، اما با عواقب گسترده، موثرترین راه مقابله با این حملات می‌باشد. بحث حملات بیوتروریستی مقطعی نبوده و آمادگی لازم برای مقابله با حملات بیوتروریستی باید همیشگی و دائمی باشد. در حقیقت مهم‌ترین مساله در مقابله با بحران‌ها مدیریت سریع و کارآمد می‌باشد. هدایت صحیح و اصولی نهادهای مسئول منجر به کاهش ابعاد فاجعه می‌گردد. در حالی‌که نداشتن راه‌کارهای مناسب و عدم اجرای صحیح و به موقع سازوکارهای موجود نتایج عکس داشته و در برخی موارد حتی باعث خارج شدن اوضاع از کنترل می‌شود.
تمامی کشورها در برابرحملات تروریستی بیولوژیکی (بیوتروریست) بسیار آسیب‌پذیر هستند و نباید از این حملات غافل بود. بنا به شواهد موجود، تهدید حملات بیولوژیکی در حال جدی شدن است و گروهک‌های نوظهوری که تعهدات اخلاقی کمتری دارند در حال گسترش می‌باشند. از این رو تمرکز بر شیوه‌های مقابله با تهاجم تروریستی و پنهانی بیولوژیکی اقدامی لازم و به جا است. البته در پایان این نکته را نیز باید خاطر نشان کرد که همان‌گونه که نادیده گرفتن و بی‌اعتنایی به تهدیدهای بیوتروریستی بسیار خطرناک است، بزرگ‌نمایی بیش از حد در این مورد نیز نادرست بوده و باید با این مساله به طور منطقی برخورد کرد.